본 연구에서는 정부출연연구기관 중 하나인 K 연구원 사례를 활용하여 연구개발 프로젝트에 대한 정성평가 결과와 정량평가 결과를 비교 분석함으로써 연구개발 프로젝트 성과평가 체계 개선을 위한 시사점을 도출하였다. 비교 분석을 위해 정성평가 결과는 국가과학기술연구회 규정에 따라 진행된 실제 평가결과를, 정량평가 결과는 연구개발 프로젝트의 산출물 데이터를 기반으로 자료포락분석(data envelopment analysis) 결과를 활용하였다. 비모수 상관관계 분석(Kendall's ${\tau}$)을 비롯한 다양한 분석 결과, 정성평가와 정량평가 결과 사이에는 분명한 차이점이 있는 것으로 확인되었다. 따라서 단순 정성 또는 정량평가로 연구개발 프로젝트를 평가하기보다 정성 및 정량평가가 상호보완적으로 진행된다면, 평가 시 각 연구개발 프로젝트의 특성을 반영함과 동시에 객관성도 보다 확보할 수 있을 것으로 기대된다.