하천관리가 국토교통부에서 환경부로 일원화되었음에도 불구하고, 환경부, 행정안전부, 농림축산식품부 등 중앙부처 간의 하천관리업무가 혼재되어 있다. 국가하천, 지방하천의 복수관리청 존재에 따른 관리 주체 간의 혼선, 국가 및 지방하천에 유입되는 소하천의 증가, 국가 및 지방하천 정비율 대비 소하천 정비율의 낮은 수준 및 피해 집중, 농업생산기반시설과 중복되는 소하천(소하천의 약 5%), 하천 관련 계획 간의 다층적 혼선, 재난 및 분쟁기구 등 관리체계의 중복, 하천정보시스템의 중복성 등은 하천관리체계 일원화를 어렵게 하는 요인이다. 최근 들어 기후변화, 수질오염 등이 심화됨에 따라 물관리의 새로운 패러다임으로 통합하천 유역관리(IRBM)가 부각되고 있는데, 하천관리체계도 통합유역관점에서 협력적 거버넌스체계를 구축하는 것은 새로운 환경변화에 대응할 수 있는 중요한 과제라 할 수 있다. 이를 위해서는 물관리 기본법을 중심으로 하천 관련 종합계획 재정비, 초광역적 메가시티에 부응할 수 있는 하천 관련 특별연합체 구축, 농어촌용수 이용 합리화 계획의 국가 물관리 기본계획 연계 및 유역 물관리계획 심의대상으로 확대, 농어촌정비법상의 농어촌용수 수질 점검 기준을 환경부의 기준과 연계, 하천관리체계의 분쟁 및 재난통합관리체계의 통합화, 하천 시설물 유지관리 법체계 간 역할 재정의, 하천 정보 통합관리 플랫폼 구축 등이 모색될 필요가 있다.