지방세기본법상 세무조사라함은 지방세의 부과와 징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부 서류 또는 그 밖의 물건을 검사 조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 세무조사는 공평과세와 근거과세 실현을 통해 건전한 납세 풍토를 조성하고 궁극적으로 조세정의를 실현하는데 그 의의가 있다. 지방세는 지방자치단체의 중요한 재원으로서 지방자치를 실현하는데 있어서 자주재정확보와 밀접한 관련이 있다. 지방자치단체는 자신의 고유사무인 세무조사를 통해서 세원을 발굴하여 지방재정을 확보한다. 그러나 세무조사권의 발동은 국민의 기본권인 영업의 자유, 재산권을 침해할 수 있는 여지가 있다. 그러한 측면에서 납세자의 권익을 침해하지 않는 범위에서 이루어질 필요가 있다. 지금까지 많은 연구가 지방재정확보를 위한 세무조사제도의 강화에 초점을 맞추어졌다면, 본 글은 납세자 권익보호 측면에서 국세와 지방세에 있어서 세무조사제도를 비교 및 검토하고, 지방세에 있어서 세무조사제도가 나아갈 방향을 모색하는데 의미가 있다. 지방세에 있어서 세무조사제도는 사실상 국세에 있어서 세무조사제도를 많이 따르고 있다. 이를 구체적으로 살펴보기 위해서 세무공무원 및 세무조사의 개념, 납세자권리헌장의 제정 및 교부, 납세자의 협력의무, 세무조사권의 남용금지, 세무조사 관할 및 대상자의 선정, 세무조사 범위확대의 제한, 장부 등의 보관 금지, 통합조사의 원칙, 납세자보호(담당)관 및 납세자보호위원회 등과 관련하여 국세와 지방세의 세무조사제도를 비교하였다. 지방세는 국세와 부과방식, 과세주체, 세목의 특성이 사뭇 다름에도 불구하고 국세와 유사한 방식으로 세무조사를 하는 것는 적절하지 않다. 지방자치단체만의 고유한 세무조사기법을 개발할 필요가 있다. 이는 궁극적으로 지방세만의 적정한 고유의 방법으로 세무조사대상자를 선정하는데부터 시작한다고 할 수 있다. 그리고 납세자보호관 제도를 활성화할 필요가 있다. 이는 국세기본법에서 보장하고 있는 수준의 납세자 권익보호가 이루어져야 할 것으로 보인다. 마지막으로 지방자치단체와 행정안전부가 납세자의 권익을 보장하는 가운데 세무조사가 이루어질 수 있도록 의지를 가질 필요가 있다.

According to the Framework Act on Local Taxes, a tax audit refers to an activity that asks questions, inspects and investigates the relevant books, documents, or other objects, or orders the submission of them for the purpose of imposition and collection of local taxes. A tax audit is meaningful in creating a sound tax environment and ultimately realizing tax justice through fair and grounded taxation. Local taxes are an important financial resource for local governments and are closely related to securing independent finances in realizing local autonomy. Local governments secure local finances by discovering tax sources through their own tax audit. However, as a basic right, the exercise of the tax audit right may infringe the freedom of business and property rights. In that respect, it needs to be done within the scope that does not infringe on the rights and interests of taxpayers. While many studies so far have focused on strengthening the tax audit system to secure local finance, this article compares and reviews the tax audit system for national and local taxes in terms of protecting the rights and interests of taxpayers, and the tax audit system for local taxes. It is meaningful to find a direction to move forward. In terms of local taxes, the tax audit system actually follows the tax audit system for national taxes. In order to examine this in detail, the concept of tax officials and tax audits, the establishment and issuance of the Charter of Taxpayer Rights, the duty of cooperation of taxpayers, the prohibition of abuse of tax audit rights, the selection of jurisdictions and subjects for tax audits, restrictions on the extension of the scope of tax audits, books, etc. The tax investigation system of national and local taxes was compared in relation to the prohibition of storage of. Although local tax differs from national tax in its method of levying, subject of tax, and characteristics of tax items, it is not appropriate to conduct a tax audit in a manner similar to national tax. It is necessary to develop a tax investigation technique unique to local governments. Ultimately, it can be said that it starts with the selection of a tax audit target through an appropriate and unique method only for local taxes. And it is necessary to activate the taxpayer protection officer system. It seems that the protection of the rights and interests of taxpayers at the level guaranteed by the Framework Act on National Taxes should be achieved. Lastly, local governments and the Ministry of Public Administration and Security need to have a will to conduct tax audits while guaranteeing the rights and interests of taxpayers.