헌법재판소는 일련의 판례에서 국립대학이 ‘대학의 자율권’이라는 기본권의 주체가 됨을 인정하면서, 이 기본권은 사안에 따라 대학뿐만 아니라 교수, 교수회, 직원들도 주장할 수 있다고 설시하였다. 심지어 국립대학이 ‘대학의 자율권’을 국민을 상대로 주장할 수 있다는 것을 전제로 삼고, 기본권의 충돌로 문제를 해결한 경우도 있다. 그런데 헌법재판소는 법인이 아닌 국립대학이 기본권의 주체가 되는 기제를 충분히 설명하지 못하고, ‘대학의 자율권’의 보호영역을 설정하는 기준을 분명하게 제시하지 못하고 있다. 그러므로 다음과 같이 관련법리를 정비할 필요가 있다. 첫째, 원칙적으로 국립대학은 기본권의 주체가 될 수 없다. 다만 국립대학은 국가나 다른 공법인을 상대로 대학구성원인 교수들과 학생들의 학문의 자유―연구와 교육의 자유를 포함한―를 보장하기 위하여 제한된 범위 내에서 대학의 자율을 보장해 달라고 주장할 수 있다. 둘째, 위의 ‘제한된 범위’를 결정하기 위해서는 대학의 자율성을 주관적 기본권으로 인정하는 것보다는 객관적 헌법원리로 파악하는 것이 바람직하다. 대학이 누리는 주관적 기본권은 헌법 제22조의 학문의 자유로서 보장된다. 대학의 자율성은 학문의 자유를 실현하기 위한 수단으로서, 대학의 기능을 보장하여야 한다는 헌법원리이다. 셋째, 대학이 누리는 학문의 자유의 보호영역을 설정할 때 대학의 자율 보장을 기준으로 삼아야 한다. 그러므로 국립대학이 주장할 수 있는 학문의 자유는 국가로부터 영향을 받지 않고 교수들이 연구하거나 학생들을 교육할 수 있도록 조직과 절차를 구성하는 범위 내에서 인정되는 자유이다. 넷째, 설령 국립대학의 자율권을 주관적 기본권으로 인식하더라도, 그 보호영역을 국가의 감독을 받지 않는 대학행정 전반에 걸친 포괄적인 결정권으로 오해해서는 안 된다. 그것은 학문의 자유를 보장하는 데 적합한 조직과 절차를 갖추는 범위 내에서의 결정권이다. 다섯째, 국립대학이 누리는 학문의 자유(또는 자율권)은 대학 자체가 주장할 수 있지만, 사안에 따라 교수회 등 관련 있는 대학구성원들도 자기의 권리로 주장할 수 있다. 여섯째, 어떤 경우에도 국립대학이 국민을 상대로 학문의 자유나 대학의 자율권을 주장하는 것은 불가능하다. 국립대학은 국가에 대해서는 기본권을 주장할 수 있지만, 국민에 대해서는 그렇지 않다. 국립대학이 국민을 상대로 일정한 조치를 취하는 경우에는 공권력 행사자 일 뿐이고 결코 기본권의 주체가 될 수 없다.

Korean Constitutional Court, in a series of cases, acknowledged that national universities can hold Constitutional Right to Academic Autonomy and that national universities themselves as well as professors, professorate and administrative staff can claim the right according to the context. The Court has gone as far as to accept that national universities can claim the right against citizens. However the Court has failed to explain the mechanism in which national universities become the subject of constitutional rights and to suggest the criteria to decide the contents of the right to academic autonomy. Thus we need to repair related legal doctrines as follows: Firstly, national universities cannot, in principle, hold constitutional rights but can exceptionally claim academic freedom against government, insofar as it is needed to protect professors’ and students’ freedom of research and education. Secondly, it is desirable to perceive academic autonomy as constitutional principle rather than as constitutional right, for the former is easier to decide the contents of academic autonomy. Article 22 of Korean Constitution specifically guarantees academic freedom. Thirdly, academic autonomy must be the criterion to decide the contents of academic freedom that universities possess. Thus national universities can claim academic freedom only to decide the organization and procedure of each university in which professors and students can research, teach and learn refusing the interference of government. Fourthly, even though the Court might perceive academic autonomy as constitutional right of national universities, it can never become the right to decide every aspect of academic administration irrespective of governmental oversight. It is the right to decide the organization and procedure proper to protect academic freedom of research and education. Fifthly, whether national universities‘ academic autonomy is perceived as constitutional right or as constitutional principle, it can be claimed not only by national universities themselves but also by relevant university members like professorate. Sixthly, it is impossible in any case for national universities to claim academic freedom or academic autonomy against citizens. They can only against government.