물관리 정책의 일원화에도 불구하고 물 관련 재정 체계는 부처별ㆍ회계별로 구분되어 통합적 효과를 극대화하지 못하고 있다. 물관리 일원화 정책에 부응할 수 있는 재정 체계 통합을 위해서는 물 관련 사업별 정부재정 투입계획을 확정하고, 하천 중심의 재정 구조에서 유역 중심의 재정 구조로 전환하여 일반회계 추진 사업을 발굴하며, 특별회계와 기금 및 특별회계 간의 통합 가능성 여부를 검토할 필요가 있다. 또한 재정사업에 대한 심층 평가를 통해 중복적ㆍ이중적 사업을 지양하고, 특별회계 및 기금 간의 비효율적 예산 배분을 합리적으로 조정할 필요가 있으며, 부담금과 조세 간의 중복성을 배제할 필요가 있다. 아울러 K-water와 한국환경공단의 역할 명확화 및 협력 사업 확충을 모색할 필요가 있다.