국내 4대강 주요 지점의 생화학적 산소요구량(BOD)은 개선되고 있으나 유역 비점오염원에서 기인한 난분해성 유기물질, 질산성질소(NO3-N)와 용존질소(DTN) 등의 함량은 증가하고 있다. 특히 농업활동이 시작되는 봄∼여름 사이에 하천의 질소농도가 상승하는데 이는 농업지역으로부터 발생한 기저유출과 여름∼가을 강우기에 유입된 유기질소의 분해로 인한 영향이다. 질산성질소는 농업지역 경작지의 토양 내 과잉양분 및 축산지역 비점오염원으로부터 주로 배출되며 매년 증가하는 추세로 녹조발생의 주요인자로 여겨지고 있다. 선진국의 농업 비점오염 관리정책은 기후변화, 환경(지표수 및 지하수 수질오염)을 고려하면서 농업소득을 보전하고 농업의 지속가능성을 고려하여 추진 중이다. 특히 농업 비점오염이 축산 비점오염과 연계되어 있기에 지역특성과 사육방식을 반영하는 가축분뇨 관리기법 적용, 농지 최적 살포량, 작물별 살포방안, 자연기반해법(NBS)에 근거를 둔 최적관리방안(BMPs) 적용 등의 다양한 정책적 및 기술적 방안이 적용되고 있다. 농업 및 축산 비점오염원에 의한 수질오염 및 녹조발생 저감을 위해서는 축사와 경작지의 오염원 관리(source control), 현장관리(site control), 배수구역 규모의 지역관리(regional control) 등의 전략적 접근이 필요하다. 중요한 정책 및 기술로는 농지 및 수계 환경용량을 고려하는 축산 및 농업 비료관리, 농업 BMPs 확대적용, NBS 기반 블루-그린 연계 수변생태벨트(Blue-Green-Network Ecobelt), 세천과 연결된 국토 하천구조를 고려하는 축산정책 도입, 밭 경작지 토양유실 저감기법 등이 필요하다. 또한 주민참여 오염원관리 프로그램, 상호의무와 연계되는 주민지원 프로그램, 주민 소득 연계 일자리 창출 프로그램 등의 다각적 적용도 필요하다.