본 연구는 조직목표 갈등을 이론적으로 개념화하고 측정하여 조직성과에 미치는 영향을 실증적으로 분석한 연구이다. 이론적 논의에서는 공공조직에서의 조직목표 특성을 논하면서, 조직목표 갈등을 정의하고 차원을 구분하며, 본 연구의 연구 대상인 한국 공공기관에 적용 가능성을 논의한다. 실증 분석을 위해 조직목표 갈등을 차원 별로 측정하여 공공기관 경영실적 평가 종합등급과 공공기관의 관리자들이 주관적으로 인식한 다차원적인 조직성과에 미치는 영향에 대한 가설을 검증한다. 가설 검증 결과, 간접적 목표 갈등인 ‘제한된 자원 획득 과정에서 나타나는 경쟁적 관계’의 수준이 높은 기관일수록, 공공기관의 경영실적 평가에서 낮은 등급을 받을 확률이 높은 것으로 나타났으며, 관리자들이 주관적으로 인식한 조직 효과성과 절차적 가치에 부정적인 영향을 미치는 것으로 나타났다. 또한 직접적 목표 갈등인 ‘주인이 달성하라고 요구하는 목표와 조직 내 목표 간의 상충적 관계’의 수준이 높은 기관일수록 관리자들이 주관적으로 인식한 조직 효과성에 부정적인 영향을 미치는 것으로 나타났다.