예장통합교단의 최고법원인 총회재판국은 총회헌법 제3편에 규정된 권징재판을 최종심으로 담당하는 기관이다. 총회재판국은 교인들의 죄과를 가려 책벌하는 소송(좁은 의미의 권징재판)과 각급 치리회(당회, 노회) 결정사항의 잘잘못을 가리는 행정소송 및 선거소송을 관장한다. 책벌소송은 피해당사자의 고소와 고발로부터 시작하여 기소위원회의 기소절차를 거쳐 유무죄를 판정하는 형사소송으로서, 당회재판국·노회재판국·총회재판국의 3심제를 취하고 있으며, 행정소송은 노회재판을 제1심으로하는 2심제, 선거소송은 총회재판국의 단심이다. 총회재판국의 재판은 그 형식면에서는 ‘결정’과 ‘판결’로 구분되는데, 결정은 절차상의 잘잘못을 가리는 것이고, 판결은 소송실체(유죄, 무죄 또는 무효, 취소등)에 대한 재판이다. 총회 제95회기∽제98회기(2011~2015)에 내려진 총회재판국의 재판은 약 175건으로 알려지고 있는데 이 중에서 결정은 86건, 판결은 89건이다. 86건의 결정사례 중 당사자의 고소소발에 대한 기소위원회의 불기소처분에 불복하여 제기하는 재항고 사건이 59건으로서 대부분을 차지하며 그 이외에 재심절차 관련 7건, 기피절차 5건이 있다. 89건의 실체재판(판결) 중 책벌재판이 47건이며 나머지 42건이 행정재판(결의소송 35건, 선거소송 7건)이다. 재미있는 것은 각 재판별로 승소율이 서로 다르다는 점이다. 우선 재항고사건 59건 중에서 항고인측이 승소한 경우, 즉 기소위원회의 불기소처분이 잘못되었다고 하여 총회재판국이 기소명령을 한 사례는 19건에 불과하며 나머지 39건은 기각되어 승소율은 32.2%에 불과하다. 그리고 재심사건 7건과 기피사건은 5건은 모두 기각되었다. 한편 47건의 책벌판결 중에서 총회재판국이 상고를 받아들여 원심(노회재판)보다 피고인의 죄과를 감하거나 무죄를 선고한 것이 31건이고 기각/취하 건은 16건에 불과하여 승소율이 66%에 이르고 있다. 이를 종합해보면 총회재판국은 피고인의 인권과 관련된 책벌소송에서는, 기소단계에서는 기소를 억제하고 재판단계에서는 피고인의 죄과를 감경하거나 면제하는 인도주의적 경향을 보이고 있다. 한편 행정재판을 보면, 35건의 결의소송 중에서 원고측 주장을 받아들여 노회결의를 무효로 하거나 취소한 건이 14건, 기각한 것이 21건으로서 승소율은 40% 정도이다. 무효·취소판결을 사안별로 보면 장로임직/사임관련 사례 9건, 목사청빙/해임사례 16건, 해벌 사례 1건, 기타 소송이 9건으로서 대부분이 목사와 장로의 지위와 관련된 다툼임을 알 수 있다. 선거소송에서는 원고측 주장을 받아들여 선거 또는 당선무효를 인정한 것은 1건에 불과하고 나머지 6건은 전부 기각하여 승소율이 매우 희박하다.