양심적 병역거부란 종교적 믿음 또는 양심에 근거하여 병역의무를 거부하는 것을 말한다. 병역법 제88조 1항은 정당한 이유 없이 병역의무를 거부하는 자에게 3년 이하의 징역에 처한다고 규정하고 있다. 이 정당한 이유에 양심적 병역거부가 해당되지 않는다는 이유로 헌법재판소는 이 조항을 합헌으로 보고 있다. 그 결과 양심적 병역거부자들은 예외없이 처벌되어 왔다. 그러나 양심적 병역거부자들은 자신들이 가지고 있는 종교적 확신이나 양심에 따라 살상 또는 상해하지 않겠다는 것인데 이것을 범죄로 처벌하는 것이 타당한지를 검토해 보아야 한다. 이들은 병역의무를 기피하겠다는 것이 아니고 병역의무를 면제해 달라거나 특별한 혜택을 부여해 달라는 것도 아니다. 병역법 제88조 1항은 양심에 근거한 병역거부자들을 다른 대체수단을 인정하지 않고 3년 이하의 징역형으로만 형사처벌하고 있어 수단의 적절성, 침해의 최소성, 법익의 균형성 등의 과잉금지원칙에 위반하였다. 또한 형사처벌을 통하여 양심에 반하는 행동을 강요하는 것이므로 병역법 제88조 1항은 양심의 자유와 종교의 자유를 침해하는 위헌법률이다. 국제인권규범과 유럽연합 기본권헌장에서도 양심에 근거한 병역거부를 인정하는 등 국제사회의 인식과 환경이 변하였다. 입법을 통하여 양심에 근거한 병역거부를 정당한 사유로 인정하여야 할 것이다. 문제는 이 양심에 근거한 병역거부라는 정당한 사유를 형법상 어디에 위치시키는가에 있다. 양심에 근거한 병역거부를 책임조각사유로 배치하는 것보다 위법성조각사유로 규정하는 것이 죄형법정주의가 요구하는 구성요건의 명확성이나 예측가능성을 높여 줄 수 있을 것이다. 구체적인 방법으로는 양심에 근거한 병역거부를 제88조 1항의 정당한 사유로 명시하는 방법이 타당할 것이다. 그리고 대체복무제도의 도입과 관련하여 군복무자와의 형평성을 고려하여 복무기간과 업무강도를 정하는 것과 대체복무 신청자에 대한 공정한 심사절차를 마련하는 것이 관건이다. 대체복무의 구체적인 업무내용은 사회적 필요와 공익성을 고려한 국민적 합의가 필요하다.

Conscientious objection is to object participating in military service for religious belief or conscience. Military Service Act Article 88 Clause 1 prescribes any one who refuses to military service without legitimate reason will be punished to imprisonment under 3 years. The Constitutional Court decided this statute constitutional, arguing that the conscientious objection does not belong to the legitimate reason. Therefore, conscientious objectors have been punished without exception. But it is necessary to consider whether it is appropriate to punish conscientious objectors as criminals because they will not kill or harm people according to their religious convictions or conscience. Article 88 (1) of the Military Service Act violates the principle of excessive prohibition such as appropriateness of means, minimum of infringement, and balance of legal interests, because conscientious objectors are punished only with imprisonment for less than three years without recognizing other alternative means. Also, it is an unconstitutional law that violates the freedom of conscience and the freedom of religion because it imposes an act against conscience through criminal punishment. Just as International human rights norms and the European Union Fundamental Rights Charter recognized conscientious objection as right, the perceptions and circumstances of the international community have changed. Through legislation, conscientious objection must be recognized as a legitimate reason. The question is where to place the legitimate reason of conscientious objection in Criminal law. It would be appropriate to place the conscientious objection to illegality than liability in terms of clarity and predictability of law. As a specific method, the conscientious objection will be defined as a legitimate reason of Article 88(1). In relation to the introduction of the alternative service system, it is important to set the length of service and intensity of work in consideration of the equality of military service personnel. And it is necessary to establish a fair screening procedure for the alternative service applicant. National consensus on concrete contents of alternative service is needed in consideration of social needs and public interests.