본 연구는 전주천유역을 대상으로 HSPF를 검보정한 후, 2011년 풍수년을 대상으로 1시간단위로 출력된 모형의 결과값을 2시간, 3시간, 4시간, 5시간 간격으로 각각 선택하여 연간부하량을 산정한 후 1시간 간격의 연간부하량과 비교분석함으로써 모형 결과값에서 선택된 수질자료를 모니터링 자료로 간주하여 채수간격이 연간 비점오염물질 부하량에 미치는 결과를 분석하고 적정 채수간격을 제안하였다. 미측정 수질자료를 생성하는 방법은 미측정자료의 직전 측정수질자료와 동이랗다고 가정한 동일농도방법과 미측정자료의 직전·후 측정수질자료의 증감분만큼 증감하는 내삽농도방법으로 미측정자료를 생성하였다. 동일농도방법의 분석결과 모형의 출력간격이 동일할 경우, 유역면적이 작을수록 비점오염물질 부하량에 더 큰 오차를 나타내었다. 따라서, 작은 유역면적의 경우 채수간격을 짧을수록 비점오염물질 부하량 산정시 오차를 줄일 수 있는 것으로 나타났다. 상대오차 10%를 기준으로 하였을 경우, 119.3 ㎢이상의 유역에서는 2시간의 측정간격이 가능하였으나, 119.3 ㎢이하의 면적에서는 상대오차 10%를 초과하는 것으로 나타났다. 내삽농도방법을 통한 미출력자료 생성은 비점오염부하량 산정에 있어 현저하게 상대오차를 줄일 수 있었다. 내삽농도방법은 모형 출력간격이 클수록 오차가 증가하는 것으로 나타났으나, 동일농도방법과는 달리 유역면적은 상대오차에 영향을 주지 않는 것으로 나타났다 상대오차 10% 기준시 151 ㎢의 BOD 항목을 제외한 모든 유역에서 출력간격 4시간까지 상대오차 10%이내를 나타내었다 따라서, 수질을 연속적으로 측정하지 못할 경우 미측정자료는 내삽에 의해 수질자료를 생성하는 것이 부하량산정의 오차를 줄일 수 있었으며, 1시간의 채수간격과 비교하여 상대오차 10%이내를 기준으로 하였을 경우, 유역면적에 따라 2시간에서 4시간사이의 채수간격이 연간 비점오염물질 부하량을 산정하는데 적절한 것으로 나타났다.