새만금 농업용지 이용계획 수정(안)에 따라, 300ha의 농산업클러스터는 고부가가치의 복합농산업화를 위하여 물류, 금융, 교육, 마케팅, 에너지 등의 기능을 도입할 계획이다. 농산업클러스터단지의 제1트랙은 첨단농업지원센터 기능으로, 원예단지, 수도작단지, 유기농업단지의 농업생산을 지원하여 경쟁력을 갖춘 농업시스템을 구축하기 위하여 자재공급, 설비 시공, 컨설팅, 물류, 유통, 가공 등 농업지원 서비스 기능을 수행할 계획이다. 농산업클러스터단지의 제2트랙은 익산의 국가식품클러스터를 고려하여 농업과 연계된 농생명 바이오산업, 제약, 신소재, 화장품 등 고부가가치 산업유치(Agro-Medical 생산기술 단지)와 Agropark와 관련된 핵심시설(수출지원센터, 물류시설 등)을 새로이 조성할 계획이다. 그러나, 현재 농업용지 이용계획(안)에 따라 상위계획만 세워져 있고, 구체적이며 세부적인 계획은 없는 상태이므로 농산업클러스터의 마스터플랜 수립하였다. 농산업클러스터의 물류기능으로는 새만금종합물류센터(쌀, 원예 등), 연구개발기능으로는 R&D센터(LED식물공장, 미생물산업, 신소재 등), 서비스지원기능으로는 전ㆍ후방 연관산업(종묘, 자재), 서비스(지원, 홍보 등)을 도입하였고, 새만금 농업용지 전체를 총괄 관리할 수 있는 농업용지종합관리센터를 구축하도록 계획하였다.