비점오염원 관리를 위해서는 농경지내 발생원 관리가 가장 효과적인 것으로 알려져 있으며 시비 방법 개선, 효율적인 물관리 등을 통한 비점오염원 발생 저감 방안 개발이 요구 되고 있다. 특히, 논의 물꼬 높이를 올리면, 강우 또는 관개수를 저장함에 따라 배수량이 감소하여 배출부하량을 크게 저감할 수 있으며, 관개수량을 절약할 수도 있는 것으로 보고되고 있다. 본 연구에서는 논에서의 물꼬높이 조절에 따른 비점오염 배출량 저감효과를 평가하기 위하여, 물꼬 높이 조절 처리구 및 대조구 모니터링 시스템을 구축하고, 처리구와 대조구의 비점오염 배출부하량을 비교ㆍ분석하고 평가하고자 한다. 물꼬 높이 조절에 따른 비점오염 배출량 저감효과를 평가하기 위해 전라북도 익산시 춘포면 용연리 일대에 시험포장을 구성하였다. 시험포장의 처리방법은 관행 영농방법 적용 시험포, 물꼬 높이 조절 시험포로 2처리 2반복으로 하였다. 대조구의 물꼬 높이는 관행 물꼬 높이를 반영하였으며, 대조군은 관행 물꼬 높이를 기준으로 5 cm 높게 구성하였다. 시비량은 새만금 유역에서의 관행적으로 이루어지고 있는 양으로 시비하였다. 물수지 분석을 위하여 관개수량 측정을 위한 유량계, 침투량 측정을 위한 침투량계, 담수심 측정을 위한 초음파 수위계, 포장 배수량 측정을 위한 위어 및 부자식 수위계를 설치하여 물수지 요소를 측정하였다. 물질수지 분석을 위하여 2주 1회 빈도로 정기 조사를 실시하여 관개수와 논물의 수질을 측정하였으며, 영농 초기 및 강우 시에는 집중조사를 위해 10분 ∼ 2시간 간격으로 논물 및 유출수의 수질을 측정하였다. 본 연구결과는 논에서의 주요 물관리 인자인 물꼬 높이 조절에 따른 비점오염 배출기작을 구명하고, 영농방법개선 방안 수립에 기초자료가 될 것으로 기대된다.