논은 지역이나 토양, 기후 특성, 오염원 종류, 관개 및 시비 등의 경작방법에 따라 배출 양상이 다양하며, 비점오염원관리를 위해서는 농경지내 발생원 관리가 가장 효과적으로 알려져 있다. 특히, 시비 방법 개선, 효율적인 물관리 등 다양한 영농방법 개선을 통한 비점오염원 발생 저감 방안 개발이 요구 되고 있다. 본 연구에서는 시비 방법 개선, 효율적인 물관리에 따른 비점오염 배출량 저감효과를 모니터링 및 모델링 결과를 통해 평가하고자 한다. 화학 비료 비종에 따른 비점오염 배출량 저감효과를 평가하기 위해 국립식량과학원 벼맥류부에 시험 포장을 조성하였고, 질소 무비, 맞춤형 비료 시비, 완효성 비료 시비에 따른 비점오염 배출량을 모니터링하였다. 맞춤형 대비 완효성 비료 시비 후 질소기준비점오염 배출량이 39% 저감되는 것으로 나타났다. 시비량 및 물관리에 따른 비점오염 배출량 저감효과를 평가하기 위해서 논 비점오염모형인 CREAMS-PADDY를 이용하였고, 모형의 보정을 위하여 서울대학교 이동저수지 관개논 시험포장에서 모니터링 되고 있는 자료를 이용하였다. 모형에 적용한 영농방법 시나리오는 쌀의 수량 및 품질에 영향을 미치지 않는 범위를 선정하기 선행 연구결과를 이용하였다. 모형의 보정 결과 논물 총질소 및 총인의 결정계수는 0.95, 0.84, 모형의 효율지수는 0.95, 0.73으로 비교적 높게 나타났다. 영농방법 시나리오 적용 결과 관행시비량 대비 표준시비량 시비 시 총질소는 3∼12 %, 총인은 15∼24% 감소하는 것으로 나타났고, 관행물꼬 높이 대비 물꼬를 200mm 증가시켰을 때 18∼38 % 감소하는 것으로 나타났다. 본 연구결과는 논에서의 비점오염 주요 관리인자의 상호관련성 및 배출기작을 구명하고, 비점오염배출량 저감을 위한 영농방법개선 방안 수립에 기초자료가 될 것으로 기대된다.