SWAT 모형은 장기 수문순환 과정을 모의하여 토양, 토지, 농업관리 등 유역관리를 위한 의사결정 방향을 제시하고, 유역의 장기유출 및 수질 모의에 많이 이용되고 있어 우리나라에서 현재 시행중인 수질오염총량관리제의 기준유량 및 유역내 오염물질 거동 해석에 많은 활용이 예상된다. 논유역을 대상으로 SWAT 모형을 적용하기 위해서 전라남도 함평군 엄다면 화양리의 논 지구를 대상으로 2005년부터 2010년까지 영농 기간동안 집중 모니터링을 실시하였다. SWAT 모형을 구동하기 위해서 수치고도모형(DEM), 토지피복도, 토양도, 하천도를 구축하였다. 논 유역을 대상으로 SWAT 모형을 적용하기 위해서 이앙시기, 시비시기, 관개량 등을 조사하여 입력자료를 구축하였으며, 유출곡선지수, 유효토층, 토양침식 및 SS 모의발생을 위해 ULSE_K, 평균경사길이(SLSUBBSN), 평균경사(Slope), 경운인자 등을 조절하여 적용한 결과 2005~2010년까지 실측 유출량과 모의발생 유출량은 서로 유사하였다. 하지만 강우와 관개수에 토양이 포화되어 탈질로 대부분의 질소가 손실되며 지표수 유출손실은 작은 것으로 모의 발생되었다. 따라서 토층 깊이를 제한하여 관측치를 재현하였다. 따라서 대규모 논 유역에 SWAT모형을 적용하기 위해서는 토양 입력자료를 조정하여야 되는 것으로 나타났다.