새만금사업은 국토의 외연적 확장, 수자원 개발, 대체농지 조성 및 쾌적한 복지 농어촌을 건설하는 것을 목적으로 약 20여 년 동안 추진 중인 대규모 국책사업이다. 막대한 비용과 시간이 소요되는 만큼 새만금사업을 성공적으로 추진하고 친환경적으로 개발하기 위하여 여러 관련 기관 및 관계 부처에서 다양한 연구를 수행하고 있다. 새만금사업의 성공여부를 결정짓는 요인 중 하나는 향후 조성되는 새만금호 수질이므로, 새만금호의 적정수질 유지 및 수질변화의 예측ㆍ분석을 통한 합리적인 수질관리 대책 수립이 중요하다. 이를 위해 시공간적 수리 및 수질변화가 심한 새만금 수역에 최적화된 모델의 구축을 통하여 해수유통에 따른 새만금호 내부의 수리적 변화를 이해하는 것이 우선시되어야 한다. 본 연구에서는 새만금호의 수리 해석을 위하여 3차원 수질예측모델인 GEMSS (Generalized Environmental Modeling System for Surface waters)와 유역모델인 HSPF (Hydrologic Simulation Program-Fortran)를 이용하여 유역-호소 연계모델을 구축하였고, 2008년과 2009년을 대상으로 시간에 따른 수온과 염분변화를 모의 하였다. 상류 개방 경계 값으로는 HSPF로 산정된 만경강, 동진강 수계의 유량자료를 이용하였고, 하류 개방 경계값은 가력과 신시 배수갑문의 실측 수위자료를 사용하였다. 수온과 염분자료는 현장에서 실측한 자료를 이용하였으며, 기상자료는 새만금호의 지배 기상대인 군산기상대의 자료를 이용하였다. 보정 및 검증 지점으로는 새만금호의 상류 하천인 만경강과 동진강 유입부를 기준으로 방조제 방향을 따라 상류, 중류, 하류에서 각각 두 점씩을 대표지점으로 채택하였다. 각 지점에서의 수온과 염분을 모의 한 결과, 모의치가 실측치를 비교적 잘 반영하고 있어 가력과 신시 갑문에 수위경계값을 이용한 GEMSS 모델이 새만금호의 물리적 유동을 대체적으로 잘 재현하고 있는 것으로 나타났다. 향후 새만금호의 수직적 수온과 염분 모의를 통하여 밀도성층변화 분석 및 EFDC 등과 같은 다른 수질예측 모델을 이용한 결과와 비교분석이 추가적으로 진행 되어야 할 것으로 판단된다.