내일채움공제는 중소기업 핵심인력의 장기재직 촉진 및 인력양성을 위하여 중소기업진흥공단이 2014년부터 관리·운영하고 있는 중소기업 핵심인력 성과보상 공제사업이다. 중소기업이 핵심인력이 부담하는 월 공제납입금의 2배 이상을 내일채움공제에 5년 동안 납부하면, 핵심인력이 5년 이상 장기 재직할 경우 중소기업이 부담한 기여금 납부누계액과 핵심인력이 부담한 공제납입금 납부누계액, 그 기간 동안의 이자를 핵심인력에게 모두 지급하는 제도이다. 본 연구에서는 세제지원측면을 중심으로 하여 내일채움공제와 관련한 문제점 및 개선방안을 제시하고자 한다. 내일채움공제와 관련한 문제점은 다음과 같다. 첫째, 핵심인력이 5년간 장기재직한 후 중소기업 기여금을 수취하는 연도에 일시에 근로소득이 증가하여 소득세가 부과된다. 이 경우 세금효과를 고려했을 때 중소기업과 핵심인력이 함께 납입한 원금보다 핵심인력이 실제 수령하는 금액이 적어지는 현상이 발생하게 되며, 연말정산 대란이 발생할 수 있다. 이와 같은 문제점에 대한 보완책으로 조세특례제한법상에 중소기업 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면이 도입되었으나, 동 조세감면을 적용받기 위해서는 공제납입금을 5년 이상 납입하여야만 한다. 따라서 5년 이상 납입한 경우에만 감면을 허용한다는 규정에 대해 예외사항을 인정하여 핵심인력에게 귀책사유가 없는 경우에는 5년 미만의 기간에 중도해지를 하는 경우에도 조세감면을 허용해 줄 필요성이 있다. 둘째, 중소기업 기여금의 수취는 핵심인력의 당해 과세연도 소득세의 증가뿐만 아니라 핵심인력 및 중소기업이 각각 50%씩 부담하는 국민연금보험료, 건강보험료(노인장기요양보험료 포함), 고용보험료 등의 증가를 가져온다. 내일채움공제를 도입한 정책목적을 고려해 볼 때 장기적으로는 중소기업 기여금 수령으로 인하여 추가 부담하는 보험료 등을 보전할 수 있도록 중소기업 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면율을 높이는 방안과 보험료 산정을 위한 기준보수에서 중소기업 기여금을 차감해 주는 특례적인 방안을 고려해 볼 수 있다. 또한 단기적으로는 내일채움공제에 가입하는 계약당사자인 핵심인력 및 중소기업에게 향후 국민연금보험료, 건강보험료(노인장기요양보험료 포함), 고용보험료가 일시적으로 증가될 수 있다는 것을 가입 전에 충분히 인지시켜주는 절차가 필요하다. 셋째, 내일채움공제에 가입한 모든 중소기업이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 중소기업에 대한 일반연구·인력개발비세액공제를 적용받을 수 있는 것은 아니다. 따라서 중소기업 핵심인력의 장기재직을 유도한다는 정책목적을 달성하기 위해서는 비록 조세특례제한법상의 중소기업이 아니라 하더라도 내일채움공제에 가입한 모든 중소기업에 대해 중소기업에 대한 일반연구·인력개발비세액공제를 허용해 줄 필요성이 있다.

The Small and Medium Business Corporation Plan is an incentive program initiated by the Small and Medium Business Corporation in 2014 to increase retention rates and develop human resources in small and medium enterprises. If a small and medium enterprise contributes twice or more of the contributions by an employee for five years, the Small and Medium Business Corporation Plan pays out the contributions from the employee and the firm with interest to the employee. This study focuses on the tax benefits of the Small and Medium Business Corporation Plan and provides policy recommendations. First, the one-time payout at the end of the fifth year increases the employee`s income, which is subject to taxation. When considering the income tax, the net payment to the employee can be smaller than the contributions made by the employee and the firm. To reduce the tax burden, the Special Tax Treatment Control Law allows income tax reduction on incentive pay for employees that have contributed for more than five years. However, tax reduction should be made for employees that do not fulfill the five year contribution if they leave the firm involuntarily. Second, the one-time payout increases not only the income tax burden of the employee but increases in National Pension contribution, medical insurance, and employment insurance, all of which the employee and the firm contribute 50%. To reduce the increased tax burden of the Small and Medium Business Corporation Plan, income tax can be reduced or the basis for calculating pension and insurance contributions could be adjusted. Also, the employee should be clearly notified of the possibility of increased National Pension contribution, medical insurance, and employment insurance before participating in the Plan. Third, not all small and medium enterprises participating in the Small and Medium Business Corporation Plan qualify for the tax credit on research and development for small and medium enterprises under the Special Tax Treatment Control Law. To retain employees in small and medium enterprises, participating firms in the Small and Medium Business Corporation Plan should be allowed to claim tax credit on research and development.