본 연구는 주인 대리인 이론에 기반하여 공공기관 경영성과와 기관장 보상의 관계를 분석하였다. 연구는 성과에 연동한 보상의 공공부문 적용가능성을 논의하고, 이를 바탕으로 성과와 보상의 연계성, 성과에 따른 보상의 민감도, 성과 이외에 보상에 영향을 미치는 변수를 살펴보았다. 다차원적 업무를 수행하는 대리인은 보상에 민감한 지표에 노력을 차별적으로 배분하고자 하는 유인을 가지게 된다. 이를 보상 민감도를 통해 분석한 결과, 기관성과보다는 개인성과가, 투입.집행관련 성과 보다는 산출관련 성과가 기관장 보상에 미치는 영향이 큰 것으로 나타났다. 공공성과 기업성 관련 성과는 기업성측면의 성과만, 회계관련 성과는 수익성측면의 성과만 기관장 보상에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 성과 이외에 보상에 영향을 미치는 변수들인 공기업 여부, 기관규모, 자체수입비율은 기관장 보상을 증가시켰으며, 지배구조의 경우 이사회규모는 기관장보상에 정(+)의 관계를, 사외이사 비율은 부(-)의 관계를 보였다. 연구의 말미에는 분석결과가 함의하는 바를 논의하였다.