자연독소인 곰팡이독소는 곰팡이가 피기 쉬운 생산환경에서 재배되어 수확된 농산물이나 이를 사료로 사육된 축산물에 주로 존재한다. 따라서 식품의 곰팡이독소 오염을 사전에 차단하거나 식품에서 이를 제거하는 것은 매우 어렵다. 곰팡이독소에 의한 건강 위해를 방지하기 위해서 생산국에서는 GAP등의 농업규범을 통해서 곰팡이독소가 오염되기 쉬운 환경을 만들지 않도록 하고, 수입국에서는 기준치를 설정하여 곰팡이 섭취를 최소화할 필요가 있다. 수입식품의 의존도가 높은 우리나라는 1999년 곡류, 두류, 견과류 등에 아플라톡신 B1 및 제조가공직전의 원유와 우유류에 아플라톡신 M1의 잠정허용기준을 설정하여 곰팡이독소를 관리하기 시작했다. 그 후 현재까지 국제식품규격위원회나 제외국의 관리현황을 토대로 관리가 필요한 식품별로 총아플라톡신(B1＋B2＋G1＋G2), 아플라톡신 M1, 푸모니신, 오크라톡신, 데옥시니발레놀, 제랄레논에 대해 기준을 설정하여 관리하고 있다. 곰팡이독소의 기준 설정은 과학적 자료와 국제적 기준 조화라는 원칙하에 제외국의 오염현황 및 관리현황을 분석하고, 각 식품의 특성별 시험분석법을 확립하며, 국내 유통 식품의 오염도 조사자료 및 해당 식품의 섭취량자료를 토대로 노출량평가 및 위해도 평가 자료를 근거로 기준을 설정하고 있다. 식품의약품안전청은 2011년 "유해오염물질 안전관리 종합계획"을 수립하여 유해오염물질의 기준 및 노출량을 5년 주기로 재평가하도록 하고 있다. 그 일환으로 곰팡이독에 대해서는 2012년부터 16개 시도보건환경연구원과 공동으로 모니터링을 실시하고 있다. 2012년도 국내 유통 농산물 및 가공식품 94품목(10,510건)에 대해 곰팡이독소 오염도를 조사한 결과 99.9%(10,509건)가 기준치 이내였다. 한편 기준이 정해져 있지 않은 3,449건도 조사하였으며 이들 모두 외국(EU, Codex) 및 국내 유사기준 이내로 안전한 수준이었다. 아울러 이들 식품 섭취로 인한 곰팡이독소의 인체노출량은 인체노출안전기준과 비교 할 때 0.003∼1.1% 수준으로 위해영향이 매우 낮았으며, 아플라톡신의 초과발암위해도 (2.9×10-8~3.8×10-8) 역시 10-6 이하로서 위해영향이 낮았다. 식약청은 ``13년도에도 지속적으로 곰팡이독소 안전관리를 위해 국내 유통되고 있는 식품을 대상으로 실태조사를 실시하고 있다. 한편 국제식품규격위원회(CODEX)에서 논의 중인 트리코테센류 곰팡이독소(데옥시니발레놀 및 아세틸유도체화 데옥시니발레놀, T-2 독소, HT-2독소 등)에 대한 식품 중 시험법을 확립하였고 실태조사를 통해 안전성을 확보하였다. 신종곰팡이 독소인 알테나리아, 베아우베리신과 엔니아틴에 대해서는 아직 기준이 설정되지 않으나 모니터링 등을 위해 시험법 확립을 위한 연구사업을 수행하고 있다. 곰팡이독소의 시험법은 법적 기준의 적합성여부를 확인하기 위해 매우 중요하여, 규격관리에 필요한 곰팡이독소 시험법은 국제적으로 충분히 통용되도록 검증이 요구된다. 이렇게 검증된 시험법을 이용하여 식품중곰팡이독소 오염도 조사 등이 이루어지면 그 결과에 따라 필요시 기준 등이 검토될 예정이다. 가공기술의 발달 및 유통구조의 개선 등으로 식품에 대한 안전성이 재고되고 있으나, 대량 생산 및 국가간 교역 증가에 따른 장기저장.수송과 관련하여 곰팡이독소가 새로운 식품안전상의 문제가 되고 있다. 곰팡이독소는 주로 곡물 및 그 가공식품에서 발생함으로 이를 많이 섭취하는 우리나라 국민들의 경우 곰팡이독소에 노출될 가능성은 늘 상존하고 있어 우리 처는 우리 국민의 이익과 안전을 위하여 곰팡이독소에 대한 연구도 활발하게 진행하면서 합리적인 관리가 이루어지도록 지속적으로 노력하고자 한다.