노동조합 및 노동관계조정법은 제31조 제3항에서 위법한 단체협약의 경우 행정관청이 시정명령을 내릴 수 있는 소위 ‘단체협약 시정명령제도’를 규정하고 있고, 이러한 시정명령 제도의 실효성을 확보하기 위하여 노조법 제93조 제2호에서는 행정관청의 시정명령에 위반한 경우에 형사처벌을 할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 위법한 단체협약 시정명령위반에 대하여 처벌할 수 있도록 규정하고 있는 노조법 제93조 제2호 중 “제31조 제3항의 규정에 의한 명령에 위반한 자” 부분의 위헌성 문제가 제기되었는데, 헌법재판소는 헌법에 위반되지 않는다고 결정하였다. 이러한 헌법재판소의 견해에 대해서는 집단적 노동분쟁의 자치적 해결이라는 측면에서 비판적으로 검토할 필요성이 있다. 본 논문에서는 단체협약 시정명령제도와 관련하여 세 가지 측면에서 접근하고자 한다. 첫째, 단체협약 시정명령제도 자체가 과연 실효적인 제도인가라는 문제의식이다. 이는 현재 단체협약 시정명령제도가 어떻게 운용되고 있는지의 문제, 즉 그 효과 및 실태의 문제와 직결된다. 둘째, 단체협약 시정명령제도가 근로3권의 보장 취지, 즉 헌법이 결단하고 있는 노사관계에 관한 집단적 자치주의를 촉진하고 분쟁해결에 일조하는 제도인가라는 법적 평가의 문제이다. 헌법을 최고규범으로 하여 헌법의 이념을 구체화하고 이를 촉진하는 하위법률인 노조법의 역할과 기능에 대한 헌법합치성 평가 문제이기도 하다. 셋째, 위법한 단체협약에 대한 시정명령위반이 처벌규정과 결합되었을 때에 그 처벌규정이 합헌적인가하는 문제이다. 이에 대해서는 헌법재판소가 2012년에 결정을 내린 바 있으므로, 헌법재판소 결정에 대한 분석이 중심이 될 것이다. 특히 세 번째 쟁점인 단체협약 시정명령위반 처벌조항의 위헌성은 앞서 두 가지 문제와 연결되어 있다고 볼 수 있는데, 단체협약 시정명령제도 자체가 실효적 기능을 가지지 못하고 더불어 위헌적 요소를 가지고 있으며 설사 위헌으로까지 인정될 정도에 이르지 않더라도 제도적 결함과 불합리성이 인정된다면 이러한 제도와 형벌과의 연계는 위헌으로 판단해야 할 당위성이 더 높아지기 때문이다. 위법한 단체협약 시정명령제도는 1980년 최초로 도입된 이후, 행정청의 자의에 의하여 운용되는 실태를 보이고 있고 집단적인 노동분쟁의 해결은 자주적 성격을 띠며 그 교섭사항들은 일체적, 포괄적인 것인데, 시정명령제도에 의하여 특정 조항만을 위법하다하여 일정한 기간 동안 별도로 재교섭하게 하는 것은 실현불가능한 것을 요구하는 것일 뿐만 아니라 오히려 분쟁을 더 촉발시킬 뿐이다. 따라서 단체협약 시정명령에 대하여 위반한 죄를 형벌로서 처벌하는 것은 단체협약 시정명령제도의 운영실태, 단체협약 시정명령제도 그 자체의 문제점 그리고 과도한 침해라는 점을 고려하면 위헌이다. 입법론적으로는 위법한 단체협약의 경우 행정관청이 노동위원회의 의결을 얻어 단체협약의 양 당사자인 노동조합과 사용자에게 통보하여 주는 것으로 족하다고 생각한다.