본 연구는 영농방법에 따른 미꾸라지개체군의 차이를 확인하고, 그 원인을 구명하기 위하여 전 국 8지역의 유기재배 및 관행재배 논에서 미꾸라지와 저서무척추동물을 채집하였다. 조사지역에서 포획된 미꾸라지는 총 1,882개체였으며, 영농방법별로 유기재배 논에서 1,333개체, 관행재배 논에 서 549개체가 조사되었고 2.4배 차이가 확인되었다. 조사지역별로는 주변 자연환경조건이 좋은 문 경시와 안성시의 미꾸라지 개체수가 높게 나타났다. 조사지역에서 채집된 저서무척추동물은 3문 6 강 19목 46과 68속 74종으로 유기재배 논에서 3문 6강 17목 41과 62속 66종이, 관행재배 논에서 3문 6강 18목 42과 60속 66종이 확인되었다. 우점종으로는 깔다구류, 새각류, 패형류, 요각류 등이 있었고 영농방법별로 큰 차이는 없는 것으로 확인되었다. 미꾸라지의 개체수와 저서무척추동물 중에서 미꾸라지의 주요 먹이원인 깔다구류, 요각류, 새각류를 비교해 본 결과, 깔다구류, 요각류 및 새각류의 개체수가 증가함에 따라 미꾸라지의 개체수가 증가하는 양상을 나타내었으나 새각류는 통계적으로 유의하지 않은 반면 깔다구류와 요각류는 통계적으로 유의한 결과를 나타내었다. 따라 서 미꾸라지 개체수는 인위적인 간섭빈도가 높은 시가지 비율이 낮고 주요 먹이원인 깔다구류와 요각류의 출현율에 의해 영향을 받는 것으로 확인되었다. 결론적으로 논 생태계에 서식하는 미꾸 라지개체군의 크기를 결정하는 요인으로는 주변의 자연환경조건과 영농방법에 의한 먹이원의 양적 상태로 판단되었다.