부가가치세 과세특례제도는 영세납세자의 납세편의를 위하여 도입한 제도이나 탈세를 조장하는 등 역기능의 영향을 미치고 있다. 우리 나라 과세특례제도에 관한 이론적 검토의 결과는 제도를 폐지하는 것이 바람직한 것으로 검토되었다. 이 연구에서는 이론적 검토에 대하여 실증적으로 뒷받침한다는 관점에서 국세통계자료를 이용하여 과세특례기준금액의 인상으로 인한 부가가치세의 납세인 원·과세표준 및 세수액에 대한 영향을 분석해보고자 하였다. 분석대상기간인 1984년부터 1993년까지의 10년간을 과세특례기준금액 인상 전의 5년과 인상 후의 5년으로 구분하여 비교하였다. 분석한 결과를 보면, 과세특례기준금액의 인상으로 과세특례자 인원·과세표준·세액이 영향을 받아 인상전보다 인상후에 더 크게 증가하였으나 전 납세자에 대한 상대적 점유비중은 오히려 계속하여 감소하여 과세특례제도가 부가가치세제도에서 기여도를 확대시키지 못하였음을 알 수 있다. 이같이 과세특례기준금액의 인상은 각 변수의 점유비는 인상시키지 못하면서 과세특례자의 인원·과세표준·세액의 증가비율만 증가시켜 과세특례제도를 폐지함으로 부가가치세제도를 정착시킬 수 있는 시기를 후퇴시키는 나쁜 영향을 끼쳤음을 알 수 있다. 따라서 과세특례제도를 부가가치세 소액부징수 금액의 인상조치와 함께 과세특례기준금액의 동결의지를 통하여 과세특례제도를 폐지하겠다는 정책방향을 실천하여야 할 것으로 본다. 과세특례자에 대하여 종합하여 살펴보면 과세특례기준금액 인상전인 1988년에 대비하여 인상후인 1989년에 납세인원은 4.6배, 과세표준은 2.1배, 세액은 1.6배 증가하여 납세인원이 과세표준과 세액에 비하여 세법개정의 영향으로 큰 폭으로 증가하였음을 알 수 있다. 그러나 인상후 5년간의 증분추세를 보면 인원의 증분비가 11.38%에서 2.61%로 감소한 반면에 과세표준과 세액의 증분비가 더욱 크게 계속하여 나타나고 있다. 이는 한계사업자가 증가한 것으로 추정할 수 있다. 이같은 현상은 과세특례자를 감소시켜 과세특례제도를 폐지시킬 수 있는 시기가 과세특례기준금액의 인상으로 지연된 것으로 볼 수 있다.