전통적 조직이론에 대한 조직경제학의 도전으로 야기된 양자간의 논쟁은 조직이론가들에게 심각한 것으로 받아 들여지고 있다. 이 글은 조직경제학을 비판하고 있는 전통적 조직이론가들의 論據가 무엇인가를 밝히고 있다. Donaldson은 주로 조직경제학의 방법론적 개인주의, 비윤리적 평가, 기회주의에 관하여 비판하고 있다. 그의 주장은 조직경제학이 방법론적으로 개인을 분석단위로 하고 있으며 합리적 경제인 모형에 기초하고 있으며, 또한 관리자를 기회주의적으로 행동하는 인간으로 간주한다는 것이다. Perrow는 조직경제학의 능률성과 Chandler의 행정조정을 신랄하게 비판하고 있다. 그는 시장에서 계층제로의 이동이 Williamson의 거래비용의 절약이나 Chandler의 행정조정때문이 아니라 기업의 시장통제라고 주장하고 있다. 이러한 비판에 대하여 조직경제학자들은 오히려 조직경제학이 조직이론의 발전을 위해 제시된 다수의 관점 가운데 하나에 불과한 동시에 조직경제학의 발전을 더 두고 봐야 한다는 입장을 취하고 있다.