재정은 가장 중요한 국가 기능이자 국정관리 수단이기 때문에 중앙재정기구를 어떻게 조직화 할 것인가는 행정개혁의 핵심적 과제가 된다. 우리나라의 극대화된 관료주의와 $quot;발전국가$quot;적 국정관리 및 재정운영 방식은 행정의 민주화는 물론이고 자유시장경제의 발전에 있어서도 역기능적으로 작용해 왔다. 중앙재정기구의 개혁은 바로 이와 같은 관료주의를 극복하기 위한 방향으로 이루어지는 것이 바람직하다. 국가의 전략적 기획과 예산정책의 방향의 기본 틀을 설정하는 일은 대통령(실)이 담당하되, 이와 같은 정책 방향에 관한 의지 반영을 위한 행정부 예산운영은 예산실이 맡도록 한다. 그러나 과거처럼 예산의 통제기능 위주보다는 성과기능이 더 강조되도록 운영되어야 한다. 예산실의 위상에 관해서는 전술한 국가기획위원회의 산하기구로 설치하는 안, 국무총리 직속으로 설치하는 안, 또는 재경부에 두는 안 등이 있을 수 있다. 이 세 가지 대안 가운데 어떤 대안이 선정되든, 그 대안이 지닌 장점은 극대화하면서 한편 그것이 지닌 문제점은 최소화하도록 하기 위한 방안이 함께 제도화되어야 한다.