1998년부터 2000년까지 겨울 결빙기를 제외한 청초호의 수질 및 영양상태의 판정결과 부영양화가 심각한 것으로 조사되었다. 투명도는 0.4∼1.3m로 비교적 낮은 값을 보였으며, COD농도는 전 조사지점에서 3.0 ±1.0mgO_2/L이었다. 염분은 29.3 ±5.5ppt로 매우 높았으며, 수심 약 0.5∼1.5m에서 염분에의한 화학성층(chemocline)이 형성되어 심층에 산소공급이 제한되었다. 또한 표층보다 심층수의 수온이 높은 수온역전현상이 관찰되기도 하였다. 표층수의 층인은 0.048∼0.253mgP/L, 총 질소는 0.9∼2.4mgN/L의 범위로 나타났으며, 청초호에서의 TN/TP비는 대체적으로 20 이하로 질소가 수중 생물의 성장과 생성에 제한 요소로 작용할수도 있음을 시사하였다. 그러나 일반적으로 인과 질소의 농도가 높게 유지되어 총질소와 총인의 비로서 제한 요소를 파악하는 것은 무리가 따르는 것으로 판단된다. 유입수가 유입되는 정점 1보다는 해수의 영향이 많은 연안으로 갈수록 점차 TN/TP비가 감소하여 해수의 영향이 클수록 인함량에 대한 질소함량비가 상대적으로 감소하는 것으로 사료된다. 조사기간 식물플랑크톤의 경우는 연중 녹조류인 Microspora sp.가 우점하였으며, 식물플랑크톤에 의한 Chl.a값은 매년 감소하는 반면 부유물질의 농도는 점차 증가하여 무기현탁물의 부유물질에 대한 기여도가 점차 증가하고 있음을 알 수 있다. 청초호의 엽록소 a 농도는 각 정점 평균 14.0 ±25.0mg/㎥으로 나타나 U.S.EPA 기준으로 볼 때 부영양호로 분류되며, 여름 성장기 엽록소 a, 투명도, 및 총인의 평균치를 이용한 부영양화도지수(TSI)도 평균 59∼77로 부영양 상태로 나타났다.