적정 규모의 정당국고보조금을 각 정당에 합리적으로 배분하고 정당은 이를 합법적이고 투명하게 운용할 때 비로소 정당국고보조금의 본래의 취지를 살릴 수 있은 것이다. 그러나 정당국고보조금이 직접 수혜자인 국회의원의 입법권에 의해서 합리적인 근거 없이 지속적으로 증액되어 왔고, 정치구조상 대통령 중심제의 정부 형태를 가지고 있음에도 불구하고 대통령선거가 제외된 채 국회의원선거의 결과를 주 배분 기준으로 하여 정당의 자체적인 정치자금 확보수준과 상관없이 각 정당에 배분되고 있다. 정당국고보조금의 지출에 있어서도 그 회계과정이 매우 허술하였고 중앙선거관리위원회의 현지확인 조사 등 실질적인 사후관리감독과 위법사항에 대한 조치도 미흡한 것으로 파악되었다. 이러한 문제점들을 개선하기 위하여 정당국고보조금 배분시 대통령선거와 국회의원선거를 동시에 반영하고 정당의 당비납부실적과 연계하여 지급하는 새로운 배분기준안과 용도제한 강화, 중앙선거관리위원회의 실사권 강화, 법인카드 사용의무화 등의 방안을 제시하였다. 정당국고보조금 관련법률인「정치자금에관한법률」의 제도개선을 위하여 제3의 독립기관인 중앙선거관리위원회에 가칭「정당국고보조금제도개선위원회」의 설치를 제안하였다.