식물플랑크톤 군집의 분포 특성에 따른 운문호의 최적 취수수심 검토를 목적으로 1998년 2월부터 10월까지 조사를 실시하였다. 식물플랑크톤 출현종은 7강, 12목, 28과, 51속의 75종, 4변종인 총 79 taxa였다. 2월부터 7월까지는 4월을 제외하고 규조강이 우점종이었으며, 8월은 갈색편모조강의 Rhodomonas sp.가 우점종이었으나 9월과 10월은 남조강의 Microcystis ichthyoblabe가 우점종이었다. 식물플랑크톤 현존량은 10월이 122,800cells/mL로 가장 많았으며, 5월이 가장 적은 415cells/mL로 나타났다. 2월부터 5월까지는 수심별 식물플랑크톤의 현존량 변화는 심하지 않았으나, 6월부터의 고수온기에는 표층수를 비롯한 表水層의 식물플랑크톤의 양이 深水層보다 훨씬 높게 나타났다. 5,000cells/mL이상의 현존량을 보인 수심은 6월의 경우 표층수로부터 9m의 범위이며, 9월은 6m까지, 그리고 10월은 단지 표층수에만 국한되었다. 수온과 식물플랑크톤량의 2가지 요인만을 고려한 적정 취수 수심은 전체 수심의 총 식물플랑크톤 현존량을 최소 75.4%에서 최대 98.0%까지 배제하며, 수온은 18.3∼20.0℃ 범위를 나타내는 6m의 수심이 타당할 것으로 판단된다.